Departamenti i Auditimit të Brendshëm ka për mision të ofrojë shërbime të pavarura, objektive, siguruese dhe këshillëdhënëse të dizajnuara që të shtojnë vlerën dhe të përmirësojnë funksionimin e Ministrisë, duke iu ndihmuar që të arrijnë objektivat e tyre dhe sjelljen e një qasjeje sistematike dhe të disiplinuar, për të vlerësuar dhe përmirësuar efektivitetin e proceseve të menaxhimit të rrezikut, kontrollit dhe qeverisjes.
Detyrat dhe përgjegjësitë e Departamentit të Auditimit të Brendshëm, janë:
Siguron zbatimin adekuat dhe respektimin e ligjeve, rregullave, politikave, udhëzimeve dhe doracakëve të përcaktuar me legjislacionin në fuqi;
Siguron përgatitjen me kohë të propozim-planit strategjik të auditimit, në bazë të vlerësimit të rrezikut;
Rishikon dhe siguron funksionimin e sistemit të kontrollit të brendshëm, në të gjitha njësitë organizative të Ministrisë;
Organizon, kryen dhe mbikëqyr të gjitha aktivitetet e auditimit të brendshëm për Ministrinë dhe dorëzon rezultatet e auditimit, në pajtim me legjislacionin në fuqi;
Përgatit dhe zbaton programin e sigurisë së cilësisë për vlerësimin e brendshëm dhe të jashtëm të funksionit të auditimit të brendshëm;
Përgatit dhe dorëzon raportet tremujore dhe vjetore për të gjitha aktivitetet e auditimit;
Raporton menjëherë te menaxhmenti i lartë dhe Komiteti i Auditimit, për çdo indikator të aktivitetit të mashtrimit apo korrupsionit, ofron propozime për përmirësimin e gjendjes, si dhe nëse menaxhmenti i lartë nuk ndërmerr veprime të duhura, njofton autoritetet e tjera kompetente; dhe
Ushtron funksionin e tij në mënyrë të pavarur dhe në aspektin funksional, i raporton Ministrit të Financave, Punës dhe Transfereve dhe e njofton Komitetin e Auditimit.
Drejtori i Departamentit të Auditimit të Brendshëm në aspektin funksional i raporton Ministrit, ndërsa në aspektin administrativ Sekretarit të Përgjithshëm.
Në kuadër të Departamentit bëjnë pjesë divizionet, si vijon:
Divizioni për Auditimin e Brendshëm brenda institucionit; dhe
Divizioni për Auditimin e Brendshëm jashtë institucionit.