Departamenti i Auditimit të Brendshëm ka për mision të ofrojë shërbime të pavarura, objektive, siguruese dhe këshillëdhënëse të dizajnuara që të shtojnë vlerën dhe të përmirësojnë funksionimin e Ministrisë, duke iu ndihmuar që të arrijnë objektivat e tyre dhe sjelljen e një qasjeje sistematike dhe të disiplinuar, për të vlerësuar dhe përmirësuar efektivitetin e proceseve të menaxhimit të rrezikut, kontrollit dhe qeverisjes.
Detyrat dhe përgjegjësitë e Departamentit të Auditimit të Brendshëm, janë:
Drejtori i Departamentit të Auditimit të Brendshëm në aspektin funksional i raporton Ministrit, ndërsa në aspektin administrativ Sekretarit të Përgjithshëm.
Në kuadër të Departamentit bëjnë pjesë divizionet, si vijon: