Detyrat dhe përgjegjësitë e Divizionit për Auditimin e Brendshëm brenda institucionit, janë:
Kryen auditime të brendshme në Ministri në pajtim me rregullat, politikat dhe standardet ndërkombëtare të auditimit të brendshëm;
Rishikon funksionimin e sistemit të kontrollit të brendshëm, në të gjitha njësitë organizative të Ministrisë;
Rishikon zbatimin e sistemit të pajtueshmërisë;
Rishikon funksionimin e sistemit të kontrollit të brendshëm dhe menaxhimin e rrezikut;
Shqyrton të gjitha të dhënat teknike, ekonomike, financiare, si dhe informatat e dokumentet në posedim ose kontroll të subjektit të sektorit publik; dhe
Përcakton objektivat, fushëveprimin, shpeshtësinë, metodat dhe burimet e nevojshme për kryerjen e auditimit të brendshëm.
Udhëheqësi i Divizionit për Auditimin e Brendshëm brenda institucionit, raporton te Drejtori i Departamentit.